Charles Journet est d’abord un théologien disciple de saint Thomas. Avant d’aborder les questions d’ecclésiologie, il a pensé à un ouvrage sur l’Eucharistie. Le choix du sujet n’est sans doute pas indifférent au contexte romand qui subit fortement l’influence du libéralisme protestant. Il s’intéressera aussi aux premières formes de l’œcuménisme. Il est conscient de la nécessité d’une affirmation claire de la doctrine de la foi. Plusieurs de ses articles seront ensuite publiés en opuscules qui n’ont rien perdu de leur pertinence. Avec Maritain et ses amis il s’intéresse aux problèmes des religions non chrétiennes. Avec un instinct remarquable il a su profiter de la présence à l’université de Fribourg de grands maîtres comme le Père Francisco Marin-Sola OP, le Père Ernest-Bernard Allo OP, et plus tard le Père Jean de Menasce OP.